印度尼西亚东部偏远地区的西巴布亚省和巴布亚省在8月中再起示威和骚乱，安全部队与示威者发生流血冲突，地方议会大厦和政府办公楼被烧毁，西巴布亚省首府马诺夸里一度陷入瘫痪。雅加达增派1000多名警员到当地镇压，警方逮捕了数十名示威者和学生，冲突也造成人数不明的死伤。据报道，这是巴布亚地区近20年来最大规模的骚乱。
这次事件的起因是东爪哇泗水市的数名巴布亚学生，在8月17日印尼独立日当天将国旗扔进水沟，警方向巴布亚学生宿舍发射催泪弹，并逮捕了43名涉案学生。在过程中，有警员和一些极右翼民族主义分子以“猴子”“猪”“狗”“宰掉巴布亚人”等字眼辱骂这些学生，引起巴布亚两省人的不满，进而上街抗议。巴布亚地区分离主义分子抓住机会，煽动民众情绪要求脱离印尼独立。
印尼的巴布亚分离主义可追溯到1960年代荷兰将巴布亚治理权移交印尼政府。荷属东印度在1949年独立建国为印度尼西亚，但荷兰当时没有放弃巴布亚地区，印尼前总统苏卡诺一直尝试从荷兰手中解放巴布亚，经美国斡旋，荷兰与印尼在1962年签订《纽约协议》，隔年将巴布亚治理权移交印尼，巴布亚将举行公投以确定要加入印尼还是独立。1969年印尼为巴布亚举行有争议的千人投票，议决加入印尼。巴布亚人认为此投票违反《纽约协议》，争取独立的运动持续至今。
巴布亚分离主义的存在有根深蒂固的因素，包括印尼长期对当地人的歧视与不公，以及雅加达对偏远地区的发展关注不足。巴布亚天然资源丰富，人口虽仅350万，但文化多元，有数百个不同的部落。巴布亚人口以美拉尼西亚人为主，肤色较其他印尼人为黑，外貌打扮不同于大部分印尼人，所以普遍受到歧视，部分印尼人常说巴布亚人是“猴子”，说明至少一部分印尼人看不起当地人与文化。尽管巴布亚有丰富矿产，但贫穷率高于全国平均10个百分点以上，这使得巴布亚人认为雅加达掠夺地方资源，没有与当地人分享天然资源收入及发展地方经济。此外，雅加达面对巴布亚持续不断的分离主义运动，多年来通过移民、派驻安全部队等政策实行同化和镇压，这也使得巴布亚人对雅加达的不满持续上升。
然而，巴布亚人要看清的现实是，不论谁或哪个政党执掌雅加达，都不可能让巴布亚脱离印尼独立。印尼作为新兴国家，对于国土和主权的完整性极其敏感，没有人愿意成为允许印尼分裂的历史罪人，所以政治领袖和军队向来强力镇压任何分离主义运动。对于东帝汶独立的事实，印尼有一段时间并不能接受，没有政治领袖会让东帝汶独立在巴布亚重演。
事实上，东帝汶的情况与巴布亚不尽相同。东帝汶迟至1975年仍然是葡萄牙殖民地。印尼是在它于当年独立的九天后，才入侵占领，统治正当性从一开始就被质疑。更重要的背景是，1998年的印尼正处于经济崩溃时刻，强人苏哈多倒台，而后开始实行民主化，这给区域国家如澳大利亚提供了干预和斡旋的窗口，也是后苏哈多时期总统哈比比无奈让东帝汶举行独立公投的原因之一。如今的巴布亚并不具备这些历史条件。一来在印尼国内，民族主义情绪较当年强烈；二来在国际上，印尼已更为强大，并且广交朋友和参与国际事务，这使得区域国家不愿介入印尼国内事务。
总统佐科对巴布亚投注更多心力，包括发展当地基础设施、承诺更关注当地人权问题和与分离主义组织进行对话，这些都是值得肯定的努力。雅加达也须保持这股势头，推进巴布亚的和平发展。然而，佐科面对政治制肘，许多巴布亚政策的效果打了折扣。雅加达作为政治中心，经济与社会发展向来集中在爪哇岛和周边地区，巴布亚极其偏远，所能分到的关注和资源自然较少。佐科缺乏军事背景，也使得他无法有效控制安全部队在巴布亚的各种行为。印尼决定迁都加里曼丹，政治中心往地理版图的中心位置迁移，也许能带动对东部偏远地区的关注。不过，印尼政治精英有意修改宪法，停止选民直选总统，意味着权力重新集中在政党手中，这可能加剧中央的政治竞争，不利于地方的政经发展。
印尼是千岛之国，各地发展落差很大，中央政治发展牵动区域与中央的互动，这个地域广褒的新兴国家如何团结各民族各地区，挑战不小。
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