台铁普悠玛的制造商“日本车辆制造”承认，供应给台铁的19个编组于车头有装列车防护系统（ATP），但都有监控设备没有接线的失误，若台铁局要求，日车愿进行修理。
据台湾《联合报》引述日本共同社报道指出，日本车辆制造坦承，通知ATP关闭指令的功能没有作用，确认设计图以后得知，当时配线没接就直接交车。报道也说，台湾方面认为事故肇因为车速过快，司机员当时曾以无线电报告有关掉了ATP，所以日车认为，“通知功能未作用，与事故无因果关系，自动减速功能本身也没有问题。 ”但日车说将努力防止类似事件再发生，“设计负责人的确认不确实。”
此外，日本车辆从2013年1月至2016年2月制造并提供给台铁与本次事故相同的列车19编组、共152节车厢，ATP在每个编组的车头，都发生相同的接线失误。
另据日本《朝日新闻》报道，事故发生后的两天即10月23日，台铁局曾要求日车调查ATP监控功能，10月29日日车确认设计负责人的失误，部分配线未依说明书接线，以致功能没有作用。
立委黄国昌于10月26日曾在立法院爆料，台铁局于10月25日要代理商至树林机厂去测试车上有没有安装相关的管线。当时交通部长吴宏谋说，台铁没有向他回报这件事，也说初步了解普悠玛没有远端监视系统。
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