经过昨日（周六）全线暂停服务，港铁表示，经过审视修复工作的复杂性，并与警方及相关政府部门进行风险评估后，今天(10月6日星期日)重开45个车站，其余48个车站继续关闭。为了腾空更多时间让车务及工程团队继续余下修复工作，列车服务晚上将会提早于今天晚上9时结束。
据《星岛日报》报道，其中机场快线服务从首班车起只提供来回香港站、九龙站、青衣站及机场站服务，博览馆站关闭。同时，因应机管局及政府要求，下午1时起至末班车，机场快线只提供香港站至机场站来回服务，不停九龙站、青衣站及博览馆站。此外，九龙站市区预办登机手续全日暂停，香港站市区预办登机手续服务正常。
港铁重申，确保乘客安全为首要任务，并有责任维护铁路设施安全，因此必须在确定车站及沿线设施在绝对安全情况下服务乘客，才会重启相关服务。港铁会继续因应实际情况和安全考虑，在恢复服务的车站实施客流管理措施，或作出车务调动，包括在未能预先通知的情况下，再次关闭车站和安排列车不停车站、关闭车站出入口等。然而，假如车站再次遭受破坏，不排除进一步延长暂停服务的时间，影响翌日的列车服务。
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