印尼这些年不时发生由极端穆斯林发动的恐怖袭击案件，其中以2002年峇厘岛的连环炸弹大爆炸最为严重，造成200多人丧命，是至今印尼本土发生的最严重恐袭。以下是自2000年以来这个全球穆斯林人口最多的国度里发生的恐怖攻击以及重要反恐事件：
2000年12月
极端分子把爆炸装置伪装成圣诞礼物分派给多处的基督教堂后引爆，造成19人死亡和多人受伤。
2002年10月
度假胜地峇厘岛的几家夜店先后遭炸弹攻击，202人丧命，死伤者大部分是外国游客。
2004年9月
雅加达的澳大利亚大使馆外面遭自杀式汽车炸弹攻击，10人死亡。
2005年5月
回教祈祷团（Jemaah Islamiyah）的成员在中苏拉威西省丁直那镇闹市发动炸弹袭击，22人死亡。
2005年10月
三名自杀式炸弹手在峇厘岛的几个旅游景点引爆炸弹，炸死20人。
2008年11月
2002年峇厘大爆炸案的三名策划人被处决，警方也指他们为执行这次恐袭筹集经费。
2009年7月
自杀式炸弹手攻击雅加达的丽思卡尔顿（Ritz-Carlton）与万豪（JW Marriott）酒店，7人死亡，其中有6名外国人，40多人受伤。
2009年8月和9月
印尼警方在爪哇展开突击行动，击毙马来西亚出生的极端分子诺丁（Noordin Mohammed Top）及三名手下。他涉嫌参与策划2002年峇厘大爆炸案。诺丁自称“马来群岛的卡伊达”组织首领。警方后来发现，他们阴谋利用汽车炸弹炸死当时的印尼总统尤多约诺。
2011年6月
回祈团精神领袖阿布峇卡（Abu Bakar Bashir）因为资助恐怖组织，判监15年。
2013年6月
恐怖组织卡伊达印尼分支的头目巴德里·哈托诺（Badri Hartono）因为招募人员参加军事训练营，判监10年。
2014年12月
警方逮捕6人，他们试图飞到叙利亚加入伊斯兰国组织。当局估计有至少500名印尼人远赴叙利亚和伊拉克为伊国组织打“圣战”。
2015年11月和12月
印尼当局接获情报指有人要袭击雅加达的机场后，警方加紧扫荡，粉碎了几个极端组织的袭击阴谋，包括要在新年时节发动自杀式攻击。其中两个组织涉嫌与伊国组织有联系。
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