地铁跨岛线最终“直走”，直接穿过中央集水地带自然保护区地底下，受访自然爱好者直言，结果虽不是他们所向往的，但也不令人意外。他们希望当局下来对工程进行深入研究和施工时，能继续参与其中，提出建议，协助减少对自然生态的影响。
自然爱好者许国丰（70岁，研究员）说，倘若在六年前，他会对“直透路线”的决定感到惊讶和激动，但过去多年，政府积极和他们沟通，进行了环境评估报告，也回应了他们对各方面，如土壤和水质等的担忧。
“如今，我只能说，这个安排不是自然爱好组织所倾向的，但并不令人意外。与陆路交通管理局和政府对话时，我们提出了不少缓解措施……希望这些举措能减少‘直走’安排对自然环境的冲击。”。
许国丰指出，自然组织关注的其中一个问题是建筑工程对濒临绝种的印度尼西亚叶猴（Raffles' Banded Langur）穿行于温莎自然公园和丛林之间的影响。但庆幸的是，陆交局接纳了他们的建议，除了原则上同意将一些设施器材移到较不敏感的地方等，也将委任灵长类动物学家展开调查，了解叶猴会途径的地点，及提出建议维持当中的衔接性。
许国丰说，自然组织希望继续和陆交局保持紧密合作，参与下来深入工程研究和施工阶段。
另一方面，尽管政府承诺会采取缓解措施，降低工程对环境的影响，但一些自然爱好者仍对这举措有所保留。
野生动植物保护者薇尔玛博士（Vilma D' Rozario）说，“任何在自然保护区的发展将为未来开启先例，我们不该冒这个险……陆交局虽说已考虑各方面，这难以争论，但我们不知道在热带雨林底下钻隧道的长期影响。时间会告诉我们。我们要冒这个险吗？”
问及跨岛线工程是否开启在自然保护区施工的先例，交通部兼卫生部高级政务部长蓝彬明医生昨晚受访时表示，这须逐案审议，不能一概而论。
“我希望这不是相互合作的终点，相反的，只是个起点。我们下来将进行深入工程研究，之后，也希望和自然组织继续合作，善用他们的专业知识和经验，在规划和建造隧道时，一同共创解决方案和缓解措施。”
