史载“汉武帝即位，举贤良文学之士前后百数，而仲舒以贤良对策焉”。这是说刘彻在公元前140年初即帝位，便昭示群臣举荐“贤良方正直言极谏之士”，董仲舒即是当时数百名受推荐者中之一人。他向武帝建议“诸不在六艺之科孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”，后世遂以此为“罢黜百家，独尊儒术”的由来。
然而，《汉书·元帝纪》却说刘奭尚为太子时，因见宣帝“所用多文法吏，以刑名绳下”，竟斗胆谏曰“陛下持刑太深，宜用儒生”，没想到竟招致其父的严厉训责。为武帝曾孙的这位汉朝时任皇帝“（勃然）作色”，说“汉家自有制度，本以霸王道杂之，奈何纯任德教，用周政乎！”还因此慨叹“乱我家者，太子也！”由此可知，汉廷直至其时仍对儒生存有戒心，尚倚赖擅刑名法术的官吏治国。宣帝且直截了当地说：“俗儒不达时宜，好是古非今，使人眩于名实，不知所守，何足委任！”
如此说来，就算时至宣帝朝尚且未必“独尊儒术”，何况武帝时期。不过，史书确实有载汉室之“推明孔氏，抑黜百家”是源自董仲舒当年之“对策”；而“立学校之官，州郡举茂材孝廉，（亦）皆自仲舒发之”。因此，我们应如何理解史书记载中的这些分歧？其实更为重要的，恐怕还是要从史录当中去探明，董仲舒到底是如何令汉武帝看到，孔门之教具有独胜于其他“百家”学问的高明之处的。
