生殖器官疣最常见的症状是疣状肉样丘疹，类似一个疙瘩。它们通常在感染病毒后数周到数月内出现，可从数毫米到数厘米不等。
当生殖器官疣变大或变得粗糙不平时，就会出现小菜花形状，甚至可融合形成斑块，因此生殖器官疣也俗称“菜花头”。疣的颜色也多样化，可呈白色、肉色、红色等。
生殖器疣可长在生殖器的任何部位。对于女性患者，生殖器疣可在外阴、阴道、宫颈（子宫颈部）和肛门出现；对于男性患者，它们能在阴茎、阴囊和肛门出现。在极少的状况下，生殖器官疣也可能出现在口腔里。
一般的生殖器官疣毫无症状，但少数会出现疼痛或瘙痒症状。当患者发现生殖器官上有异形的疙瘩，就应寻求医生看诊。
生殖器官疣不会致癌，因为它们是由低风险，而非高风险的人类乳头状瘤病毒所导致。
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