台湾总统府批评国民党在习郑会中，沦为出卖主权的政治道具。
综合台湾中央广播电台和TVBS新闻网报道，总统府发言人郭雅慧星期五（4月10日）晚间指国民党在习郑会中，未能坚持政党主体性与台湾立场，任由中国大陆以“两岸同属一个中国”为核心的九二共识，作为国共两党的共同政治基础，将国际社会对台海和平的关注与支持，配合北京论调诬指为“外力介入”，沦为消灭“中华民国”、让台湾被统一的“出卖国家主权的政治道具”。
郭雅慧说，总统府对这种失格、自我矮化的行为，深表遗憾。
她指郑丽文会见习近平时说，国民党与共产党具有“九二共识、反对台独”等共同政治基础，并称台湾海峡不为外力介入，中国大陆的“中华民族伟大复兴”是“两岸人民的共同复兴”等。
郭雅慧称，这凸显习郑会的本质，是中共领导人透过会见国民党领导人，将台湾从世界舞台抽离，放入两岸同属一个中国的一中框架，锁进中国大陆“百年建国目标”（中华民族伟大复兴）的政治议程里。更明确的说，习郑会所要凸显的，就是台湾属于中华人民共和国一部分，以及推进以和平统一为名、并吞台湾为实的两制台湾方案。
郭雅慧强调，台湾海峡不是民族主义的内海，而是繁荣世界的自由航道，台湾的未来，只有台湾人自己可以决定。台湾愿意与全世界所有热爱自由民主的国家并肩合作，共同致力于区域的和平、幸福与繁荣，“不能、也不会为极权者的民族主义服务”。
她也说，北京方面定义下的九二共识，就是一个中国、一国两制，台湾绝不接受，台湾民意也坚决反对；今天这场被锁进中国大陆“统一”的政治议程及一中政治框架的政党互动，绝不会影响“中华民国台湾”主权地位的主张，也绝不会动摇台湾前途必须由2300万台湾人民决定的坚持。
另一方面，副总统萧美琴星期六（11日）说，政府主张在对等、尊严的前提下，两岸都能有对话机会，但很遗憾的是看到对岸在武力胁迫下意图让“中华民国”消失，在对台湾持续的武力胁迫下，“这样子的对话，事实上，也缺乏了实质意义”。
有媒体向萧美琴提问，是否担心军购预算真的因为中国大陆要求，被延宕到习特会后？萧美琴说，军购预算与台湾总预算自去年送交至立法院，但至今迟迟无法审议，非常令人遗憾。
萧美琴也说，“历史上自古至今，没有一个面临威胁、面临打压的国家，是透过‘弱化自己’来取得和平”，因此一定要强化自己的实力。她呼吁不分朝野一定要支持军事预算、支持强化台湾的实力、支持台湾防卫的能力。
