两岸直航航点尚未完全恢复，中国大陆国台办星期三（4月29日）指控台湾民进党政府，称即便有航空公司提出申请也以劝阻、不受理方式予以阻拦，“民进党单方面破坏协议”。台湾交通部民航局星期四（30日）反驳称，大陆片面中止两岸协商，才是干扰两岸航运正常互动、破坏两岸协议的根源所在。
大陆国台办发言人陈斌华星期三在例行新闻发布会上，回答有关恢复两岸空中客运直航正常化的问题时说，民进党单方面破坏协议，随意调整航点政策，将正规定期直航点违规改为手续繁杂、条件苛刻的包机点，甚至即便有航空公司提出申请，也以劝阻、不受理等方式加以阻拦，人为设置民航往来壁垒。
陈斌华指出，这不仅导致两岸航空公司运营成本增加、组织难度加大，更让广大两岸民众往返变得繁琐不便，严重损害业界合法权益，无异于让两岸空中直航“开倒车”。
综合《联合报》和《经济日报》报道，台湾交通部民航局星期四就此以三点声明回击。民航局称，疫情之后，世界各国航空客运的恢复，都是通过双边协商，循序渐进、分阶段开放航点、航班。而大陆方面基于政治因素，片面中止两岸协商，才是干扰两岸航运正常互动、破坏两岸协议的根源所在。
民航局指出，疫情后两岸情势及客观环境已大幅改变，台湾政府在充分考量业者及旅运需求，已开放15个定期航班航点，其航权容量班次计每周420班。
对于大陆籍业者申请飞航定期航班，民航局说，均依其申请需求予以核准同意，现行大陆籍业者已飞航至每周197班，航权使用率达94.3%，未有阻扰其申请的情事。
至于包机航点部分，民航局称，自2023年3月以来，民航局迄未接获业者的包机申请，而如接获业者洽询电话，均说明可依“两岸13个客运航点飞航特定需求包机执行说明”，于获配航权额度内，于春节、清明节、端午节、中秋节等节庆期间申请飞航包机，并未有劝阻、不受理情形。
民航局批评，大陆方面未经查证任意指控，是不负责任的作为。
此前，大陆官方4月12日发布十项促进两岸交流合作政策措施，内容涵盖推动全面恢复两岸空中客运直航正常化，进一步便利两岸人员往来。支持尽快恢复乌鲁木齐、西安、哈尔滨、昆明、兰州等城市两岸航班。支持金门共用厦门新机场等。
