深隧道阴沟系统第二阶段工程采用前沿科技，除了可防止腐蚀，也方便工人进入内部进行维修，从而提高效率与可靠性。

深隧道阴沟系统第二阶段由35公里深隧道及63公里分支阴沟（link sewer）组成。由于工程受冠病疫情耽误，预计要到2026年才完工。

第二阶段工程采用先进科技，如建有可防微生物导致腐蚀的水泥墙和高密度聚乙烯混凝土，避免水道系统在潮湿和微生物杂生的环境中遭腐蚀。