中国大陆组织被指渗透台湾清华大学，并通过由两岸组织和机构共设的研究院进行揽才。该研究院也被发现未经官方许可，在该校设立办公室。台湾教育部以违反两岸人民关系条例为由，要求办公室撤离。
台湾《自由时报》今天（8日）引述国安单位信息报道，台湾的清华大学校友会、中国大陆厦门市政府和北京清华大学共设的清华海峡研究院，在未经官方许可下，在新竹清大校内违法设立“清华海峡研究院新竹办公室”，为研究院总部在台从事技术研发、揽才、投资等业务，涉违反两岸人民关系条例。
研究院是在2016年透过台湾清华大学校友成立的自强工业科学基金会，向台湾清大承租以设立清华海峡研究院新竹办公室，并成立“两岸产业促进中心”，协助中国大陆企业挖角台湾人才，整合两岸清华人才及研发优势。情资信息指清华海峡研究院有中国大陆官方背景，总部设于北京。
台湾教育部在官网上回应时说，他们在上个月26日接到陆委会来函，认定办公室违反台湾地区与大陆地区人民关系条例，并将依据该条例进行裁罚。
根据台湾地区与大陆地区人民关系条例条例，大陆地区之非营利法人、团体或其他机构，非经各该主管机关许可，不得在台湾地区设立办事处或分支机构，从事业务活动。
台湾清华大学也证实，教育部要求设在清大校内的办公室立即停止使用并撤离。台湾清大在发给台湾中央社的新闻资料中强调，研究院不属于校方，是部分校友成立的服务校友推广教育及创业机构，校方也未曾知悉此事或参与运作。自强工业科学基金会董事长卢昆瑞则说，据他所知，研究院已有相当长一段时间未曾运作，今年底租约到期后，也不再续租空间。
台湾清华大学校友总会也在新闻资料中称，校友总会并没有与研究院有任何接触与合作。
台湾国安局副局长陈进广在立法院就此事说，说中国大陆目前相当缺乏半导体科技人才，且有60万人以上的缺口。
