针对《镜周刊》报道称他疑似用权势性骚扰女秘书，台湾行政院原子能委员会星期二（10月4日）上午转述主委谢晓星个人声明，未正面回应性骚扰女秘书之事，仅称对秘书在联系业务和互动自然要求较严格，但绝非周刊报道所言，一直换秘书。谢晓星4日下午再发声明称，为消弭外界疑虑，愿接受行政院最严格调查。
《镜周刊》引述原能会内部人员爆料报道，在位六年的台湾行政院原子能委员会主委谢晓星，遭控职场性骚扰和霸凌。内部人士爆料，他一人有四个秘书，挑秘书就像选妃，清一色都是年轻、高挑、长发的美女，他不但每天要四名秘书陪吃午餐，还不时对女下属言语骚扰、肢体碰触。此外，他还被投诉情绪控管能力极差，常无故辱骂下属、霸凌同仁，不少原能会职员形容上班像在地狱，更批谢为老不尊、德不配位，也呼吁上级机关行政院能够重视基层心声，让同仁回归专业，不必再受职场性骚扰及霸凌。
针对周刊引述不具名人士的相关爆料报道，台湾行政院原能会4日在官网发布谢晓星个人声明。
谢晓星说，自己对原能会业务非常重视，平时严以律己也严以待人。虽偶因对同仁业务处理不够完美而生气，但都是“对事不对人”，主要是希望原能会同仁都要对得起这份工作。也因此，相对于秘书在联系业务和互动自然也要求较为严格，但绝非周刊报道所言，有一直换秘书之情事。
至于报道提及与同仁互动过程的部分，谢晓星说，过去在学校任教多年和学生相处融洽且亦师亦友，因此把这习惯不自觉带来公务机关上，如有不适宜之处，尔后会调整改进，避免造成外界误解。
据《镜周刊》报道，针对指控，台湾行政院原能会主委谢晓星坦承，他面试秘书时，的确有问私人问题，但目的是为了寻觅性格合适的人，绝非“选妃”，也有告知对方可不回答。此外，与秘书共进午餐是为了增加感情，并未强迫，也未性骚扰女下属。他坦承因求好心切，曾两次在公开场合、10多次在办公室责骂主管。
谢晓星4日下午在原能会官网再发声明，称有关今天（10月4日）周刊报道他遭指控性骚扰霸凌一事，他稍早已发表声明，严正驳斥相关不实影射。然为消弭外界疑虑，他已主动向行政院长苏贞昌表达，愿接受行政院进行最严格的调查。
另据台湾《自由时报》《联合报》报道，台湾行政院长苏贞昌4日率各部会首长列席报告明年中央政府总预算案及中央政府前瞻基础建设计划第四期特别预算案编制经过并备质询。民众党立委邱臣远询问苏贞昌对谢晓星被爆性骚扰女下属报道的掌握，若查证属实是否启动内部调查，苏贞昌回应称，刚听到消息，谢晓星会有说明，公务员或政府官员的相关责任都清清楚楚，行政院会依规范进行调查。
台湾行政院发言人罗秉成4日说，苏贞昌已请行政院秘书长李孟谚组成专案调查小组进行调查，待查明相关事证后将尽速对外说明结果。
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