台湾陆委会强硬反驳大陆有关“台湾方面粗暴驱离大陆渔船”等说法，称依照规定大陆船舶未经许可，不得进入台湾限制及禁止水域，并强调台湾将持续严正稳健执法。
陆委会星期天（2月18日）在官网发布的新闻稿中写道：“我主管机关为维护渔民权益，依法驱离或扣留越界船舶，以前如此、现在如此，未来也将继续执法，不会因此改变。”
陆委会称，台湾国防部早在1992年依据两岸条例划设金门地区限制、禁止水域，且历经修正公告迄今，双方执法机关均依此进行相关水域执法工作，并据此多次展开执法及海上救难合作。
陆委会说：“我方主管机关长期以来对于越界大陆船舶多数以驱离为主，一向采取稳健妥适的执法措施，不存在国台办所说‘粗暴驱离’或‘无视大陆渔民生命财产安全’的情形。但在‘三无’船舶（无船名、无船舶证书、无船籍港登记）不断侵扰，以及违法人员拒绝配合并采取危险规避作为下，发生不幸事件。”
陆委会称，这样的事件谁也不愿意看到，并指国台办一再无端指控，无视事发迄今两岸各有关单位积极调查肇因与善后处理的努力。
陆委会也说，对于此案肇因正秉持依法、公正、公开的原则，由检方全力调查中，台湾方面会迅速公布结果。“对于不幸罹难者的家属，政府已委请海基会基于服务两岸民众的既有经验，负责协助处理善后事宜。我们呼吁双方能互相合作，方有助早日厘清事实真相，共谋策进之道，方属两岸人民之福。”
一艘大陆快艇上星期三（2月14日）下午越界闯入金门海域，被台湾执法船只追缉时翻覆，导致船上四人落海，其中两人送医抢救不治身亡。此事令两岸情势升温。
中时新闻网星期天引述消息人士报道，金厦两岸之间的禁止、限制水域的法源是根据《台湾地区与大陆地区人民关系条例》之授权，由台湾国防部公告。
根据《台湾地区与大陆地区人民关系条例》第29条，大陆船舶、民用航空器及其他运输工具，非经主管机关许可，不得进入台湾地区限制或禁止水域、台北飞航情报区限制区域。限制或禁止水域及限制区域，由国防部公告之。
中国大陆国台办星期六（2月17日）在船只翻覆事件发生后强调，两岸渔民自古以来在厦金海域传统渔场作业，根本不存在所谓“禁止、限制水域”一说。
据新华社报道，国台办发言人朱凤莲指台湾方面粗暴驱离大陆渔船，导致渔民遇难，并说大陆方面对台湾人民充满善意，但对台湾方面无视大陆渔民生命财产安全的行径也决不容忍。
大陆海警星期天在微博上宣布，在厦金海域开展执法巡查行动，进一步维护有关海域作业秩序，维护渔民生命财产安全。国台办也对此表示支持，并指台湾方面粗暴驱离大陆渔船导致渔民遇难，草菅人命，态度恶劣，引起大陆各界强烈愤慨，严重伤害两岸人民感情，严重破坏两岸关系。
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