日本和菲律宾启动海域划界谈判，涉及台湾以东海域，引起岛内和中国大陆反弹。台湾外交部调整最初表达的“肯定”态度，星期三（6月3日）再次呼吁日菲应考量台湾权益，并就相关议题与台湾进行协商。
对于中国大陆外交部此前一天称“涉及台湾以东海域划界谈判，必须有中方参与”，台湾外交部重申，“中华民国台湾与中华人民共和国互不隶属”，大陆无权置喙。
日本与菲律宾5月28日启动“专属经济区（EEZ）及大陆礁层海洋边界谈判”，范围和台湾东部海域重叠。台湾外交部5月31日发新闻稿予以“肯定”，期待三方共同对区域和平稳定及维护海洋生态做出具体贡献。
大陆海警岱山舰编队星期一（6月1日）则在台湾岛以东海域开展执法巡查，并称这是针对日、菲单方面启动相关划界谈判，严重侵犯中国领土主权和海洋权益采取的必要行动。
大陆外交部发言人毛宁星期二（6月2日）回应称，根据《联合国海洋法公约》，海岸相向或相邻国家间的专属经济区和大陆架界限，应由有关国家本着公平原则以协议划定，“涉及台湾以东海域划界谈判必须有中方参与”。
毛宁并批评，民进党为谋求政治私利，不惜出卖中华民族的整体利益，数典忘祖，毫无底线。
台湾两大在野党国民党和民众党立委强烈抨击外交部“丧权辱国”，要求与日菲交涉。就是执政党民进党的立委也强调，涉及主权，外交部须强力对外交涉。
外交部发言人萧光伟星期二改口称，已责成驻外馆处洽请驻在国政府提供详情，并请日菲在谈判过程中务必考量与台湾专属经济海域高度重叠的事实，不应损及台湾利益，并与台湾协商。
日菲台200海里经济海域有所重叠，屡有冲突事件，2013年台湾渔船“广大兴28号”船长在台菲重叠专属经济海域，遭菲国公务船人员扫射身亡，故台湾渔民也希望政府为渔民发声。
台湾海洋委员会副主委张忠龙星期三在立法院受访时指出，台湾跟日、菲分别签订过渔业执法合作协定，海委会派遣大舰执行相关护渔勤务，不会影响渔民权益。
外交部下午再发声明指出，已指示驻日本代表处及驻菲律宾代表处分别向两国政府确认，日菲未来相关协议谈判过程及结果均不会影响台湾依国际法及海洋法所享有的主权权利。
外交部也重申，两岸互不隶属，驳斥大陆藉此事恶意操弄“一中原则”混淆国际视听，企图在国际社会营造对台拥有主权及对相关海域具管辖权之错误印象，台方更不允许大陆妄图透过所谓海巡执法及军力投射等行为破坏区域和平稳定。
大陆国台办发言人朱凤莲星期三则在例行记者会指出，世界上只有一个中国，台湾是中国的一部分，日菲启动海域划界谈判，严重侵害中国海洋权益，严重违反国际法和国际关系基本准则，完全非法无效。
朱凤莲强调，两岸同胞同属中华民族，应站稳民族立场，坚持民族大义，共同维护国家主权和领土完整，维护中华民族的整体利益。
