已故银行家黄祖耀坚信教育的重要，多年来热心教育，不断慷慨地为教育界提供巨额捐款，也带领本地社区为教育下一代做出贡献。
黄祖耀在教育界拥有多项头衔，包括南洋理工大学的名誉副校长以及中正中学的董事会主席等。
黄祖耀早年接受传统华校教育，毕业于中正中学，后来成为中正董事会主席。2021年，在庆祝中正建校80周年的晚宴上，黄祖耀捐出300万元，帮助中正中学成立“中正中学建设基金”。中正中学（总校）、中正中学（义顺）和南洋初级学院，是中正中学有限公司属下的三所学校，由同样的董事会管理。
同样在2021年，黄祖耀以南洋初级学院董事会主席名义向南初捐赠20万元设立基金，为品德优秀以及在美术、体育及社区服务等领域有杰出表现的学生颁发奖学金。
在他的领导下，新加坡宗乡会馆联合总会、福建会馆、金门会馆等社团也每年慷慨颁发助学金和奖学金给本地学子，帮助新加坡培养了无数的优质人才。
推动新中交流 培养金融界人才
身为新加坡最知名的银行家，黄祖耀一直致力于推动新中两地的金融界联系与人才培养。2015年，大华银行设立了5000万元的“黄祖耀未来领袖奖学金计划”（Wee Cho Yaw Future Leaders Award），为来自贫困家庭的学生提供经济援助，让他们有机会获得优质的高等教育。
黄祖耀曾捐献300万元给南洋理工大学，设立奖学金以奖励修读金融硕士学位的中国学生。加上政府一元对一元的额外补助，“黄祖耀金融硕士学位奖学金”拥有600万元永久留本基金，每年可资助四名在南大商学院攻读金融硕士学位的中国学生，每份奖学金6万元，可用来支付学费、生活津贴，以及旅行津贴。
这份奖学金也开放给南大商学院修读金融硕士学位课程的中国金融市场监管人员申请，如来自中国银行业监督管理委员会、中国人民银行、中国证券监督管理委员会的金融市场监督管理人员。
身为南大名誉副校长的黄祖耀当时说，希望借此加强新加坡和中国之间的联系与合作。他说：“希望奖学金能进一步深化两国金融界之间的良好关系。”
为了在新中之间搭建桥梁，促进专家学者深入了解新加坡与中国金融和银行领域的挑战与机遇。黄祖耀在2008年创办了“黄祖耀新中金融银行业论坛”（Wee Cho Yaw Singapore-China Financial Banking Forum）。首届论坛在中国北京举行，当时黄祖耀以家族名义捐款300万元，作为这个银行业论坛的启动资金。
新加坡国立大学全球亚洲学院（NUS Global Asia Institute）也曾收到总额2000万元捐款，其中包括葛兰素史克-新加坡经济发展局（GSK-EDB）信托基金以及黄祖耀的捐款。
