新柔地铁列车从新加坡的兀兰北站发车后，若列车上发生罪案等跨境事故，将由马来西亚警方负责调查及执法。反之，列车从新山武吉查卡站发车后，列车上的事故将由新加坡警方负责调查及执法。
一般情况中，列车旅程终点的所在国拥有优先司法管辖权，但如果另一国认为由它调查事故和提控涉案人会更符合公众利益，可要求优先管辖国放弃司法管辖权。
律政部长兼内政部第二部长唐振辉星期二（4月7日）在国会为《跨境铁路（一地两检）法案》（Cross-Border Railways (Border Control Co-Location) Bill）提呈一读，为新柔地铁相关的一址通关、铁路安全协调和跨境事故管理，以及数据保护事务做准备。
内政部发文告说，法案列出的铁路安全协调和跨境事故管理安排，与通过英法海底隧道的列车等其他主要跨境铁路服务相似。
新马两国已就事故管理合作拟定全面的标准操作程序。相关法律和标准操作程序将有效应对跨境事故，并保证旅客的安全。
新柔地铁预计今年底通车。新加坡和马来西亚的关卡、移民及检疫设施（简称CIQ）将设在同一屋檐下，无论是从新加坡前往柔佛新山，或从新山来新，地铁乘客将只须在出发地完成离境和入境手续。
根据早前的报道，从新加坡出发的乘客在兀兰北关卡设施的地下一楼进入地铁站和完成离境手续后，再到地下二楼便可办理入境马来西亚的手续以及在月台搭车。
兀兰北关卡划指定区域 马国官员有权检查旅游证件和安检
法案包括相关条文，让兀兰北关卡设施划出指定区域作为马来西亚的关卡、移民及检疫区域。马国边境法律将适用于这个指定区域，即马国官员有权在这里检查旅游证件、展开安检，及拒绝旅客与物品入境马来西亚。若发现旅客可能感染传染性疾病，他们也能指示对方接受体检与隔离。
不过，新加坡法律继续适用于指定区域。马国官员无权逮捕任何人，他们若扣留任何人或物品，必须尽快移交给新加坡执法人员。
在指定区域执行公务的马国官员将享有一定的保护和豁免权。例如执行公务时若被旅客暴力对待，涉案者等同于对新加坡公务员施暴，可根据新加坡法律被提控。
马国官员享有的权力与保护是基于对等原则授予的，也就是说在新山武吉查卡站（Bukit Chagar）执行公务的新加坡官员，也享有同等的权力与保护。
星期二提呈的法案也授权新加坡官员在兀兰北关卡对离境旅客进行安检，以检查是否有马国法律管制或禁止携带的物品。如果发现违禁物品，新加坡官员可允许旅客自愿丢弃，除非物品对人身安全构成威胁、是活体生物，或是与调查工作相关的证据。
法案也允许我国内政部长下令在武吉查卡站部署新加坡关卡人员。内政部长也可在不提供任何理由的情况下，拒绝或撤销特定马国关卡人员在新加坡境内执行公务的权力。
当关卡、移民及检疫设施的运作或安检系统及流程出现中断，或发生严重的公共卫生事故等特殊情况时，法案条款将允许此前未获准的马国官员在特定期限内进入指定区域执行公务。
《跨境铁路（一地两检）法案》也同时对与法案相关的其他法令进行修订，例如《民防法令》和《警察部队法令》，允许民防部队和警察部队人员处理跨境事故。《护照法令》也将修订，以让新加坡官员对武吉查卡站新加坡指定区域内查获、与护照相关的罪行行使刑事管辖权。
新柔地铁全长四公里，通车后从新加坡兀兰北站到新山武吉查卡站，车程仅约五分钟。新柔地铁单向的每小时乘客量约为1万人次。
