《读卖新闻》星期五（1月5日）引述消息称，羽田机场撞机事故发生的两分钟前，海警飞机已听取指令在停止线上停等飞行。然而，该飞机未经塔台许可闯入跑道，并在跑道上停留40秒。
对于这一情况，日本交通当局回应说，“羽田机场管制台设有警示系统”，但未就塔台当时是否显示警号进行回答。
日本国家运输安全委员会和日本警方正在调查事故发生细节。日交通当局明示，“将进一步了解塔台系统当时的情况”。负责调查事故原因的日本交通安全委员会已经回收了记录日本海警飞机驾驶舱记录和塔台对讲的黑盒子，以及记录飞行状况的“飞行记录器”。至于日航客机，只有“飞行记录器”已找到。
据《日经新闻》报道，这起航空事故，日本将与美英法加专家联合展开调查。美国航空安全部说，将协助日本读取飞机记录仪。另外，日航飞机发动机由英国制造，英国航空事故调查局也将参与调查。
1月2日，日航客机与日本海岸警卫队的一架飞机在东京羽田机场跑道上相撞，日航机上的379个乘客和机组人员安全脱险，而为能登半岛地震灾区送物资的海警运输机，除了机长，五个随机人员全牺牲。
日航的A350飞机全长约67米，烧焦后的残骸堵塞了跑道。羽田机场已开始清理跑道上的飞机残骸。由于跑道在事故后封锁，羽田机场航班的正常起降也受到影响。据了解，日航和全日空在星期五也因无法安排起飞，取消多达200个航班。
日本的新年长假本周末将是U转高潮，日本交通部长齐藤铁夫说：“当局将在清除残骸后，对跑道进行安全检查。如果一切没问题，最快可在星期天开放跑道。”
